Эту дельту, как вы ее обозвали, можно притянуть за уши только под подоходный налог, и то, если очень-очень постараться. По НДФЛ налоговый период год, так что ничего тут не возникает - ни штрафов, ни пеней. Ну если очень беспокоит, предложите работнику вернуть денежку в кассу до следующего аванса. Лично я бы ничего не делала в этом случае, ибо налоги с начисленной з/п платят, а не с выплаченной.