Ангина ангине рознь, без консультации врача здесь не обойтись. Если ангина стрептококковая, то без адекватного лечения действительно можно заработать осложнение на сердце и почки, причём на всю жизнь. Тут уж нужно выбирать: короткий курс антибиотиков или кардиоревматизм и гломерулонефрит. Дифтерия очень похожа на ангину, здесь нужно совсем другое специфическое лечение, так что к врачу обязательно.
Кстати, антибиотики можно применять местно, биопарокс, например, в этом случае никакого вреда желудочно-кишечному тракту не будет.