а загрузчик стандартный от винды? чаще всего они позволяют грузить либо системы с разных разделов, или при наличии соответствующих boot sector записанных в файлах.
в общем случае, если системы разнесены по разным разделам, то проблем с этими двумя быть не должно.
на одном разделе конфликты будут в "\program files\common files\".
в boot.ini должны быть указания либо пути к партициям, либо к файлам на этих партициях, в формате файла boot.ini
дополнительно файлы в корне диска, такие как ntldr желательно должны быть от максимальной системы.