В Интернете много интересного по этой теме. Вот, например:
Способ 1 (химический).
В пне (сверху) сверлят как можно больше отверстий в которые осенью засыпают селитру (калийную или натриевую, несколько килограммов) и закрывают пень пленкой, что бы селитру не размывало дождями. Можно использовать очень концентрированный раствор селитры, который надо заливать регулярно в течении многих дней. Это ускорит пропитывание древесины селитрой. Смысл этой затеи в следующем. Селитра при нагревании выделяет много кислорода. Поэтому когда пень пропитается селитрой, а затем немного подсохнет, его поджигают, разведя на нём небольшой костер. Древесина пня начнет довольно интенсивно тлеть и выгорает даже в глубине земли.
Но этот способ категорически нельзя применять на торфяных почвах! Так как начнется подземное горение торфа, которое потушить практически невозможно.
Способ 2 (химический).
Если обильно посыпать пень крупной солью, то древесина постепенно ею пропитывается и начинает разрушаться. Примерно через год весь пень превратится в совершенную труху. К сожалению, несколько пострадает и почва. Поэтому такой способ применяют только тогда, когда площадка расчищается под строительство. Т.е. почва не будет использоваться.
Способ 3 (механический).
Для разведки нам потребуется тонкий прочный металлический штырь длиной сантиметров 40-50. Привязав его на палку, и тщательно пролив землю вокруг пня, штырем определяют расположение наиболее толстых корней вокруг пня. Ну почти как саперы мины ищут…
Определив расположение наиболее толстых корней, небольшой лопатой выбираем землю между ними. Копать без разведки весьма непродуктивно. Глубина ямок примерно на 10-20 см ниже самих корней. А с самих коней тоже снимаем землю. Не стремитесь перерубить мощные корни лопатой. Только лопату испортите и время потеряете. При выкорчевывании не следует суетиться, а надо действовать с чувством, толком, расстановкой. Теперь, когда корни себя обнаружили, обваливаем землю с корней в ямки вокруг них. И корни оказываются совершенно открытыми. Берём ножовку и перепиливаем их. Топор тут не самый лучший помощник - корни упруги и плохо рубятся. Теперь осталось наклонить пень в сторону и перепилить или подрубить центральный корень, идущий вглубь, если он есть. Наклон пня проще всего осуществить с помощью надежного рычага или лебедки.
Один мой знакомый выкорчевывал пни на своем участке так. Просто копал примерно в полуметре от пня достаточно глубокую яму, примерно на полкуба. В легком грунте это делается быстро. Затем брал шланг и просто размывал мощной струей воды землю вокруг пня. Грязная жижа стекала в вырытую яму, а пень оставался висеть практически весь на виду. На второй день, когда вода уходила, он просто спиливал его ножовкой, а яму засыпал грунтом, вынутым накануне. За день выкорчевывалось по 5-6 пней, довольно здоровых. За неделю он один расчистил все что хотел.
Взято отсюда
http://www.delaysam.ru/dachastroy/dachastroy64.html