Лучше сразу обрезать, не оставлять на зиму. Почерневшие ветви надо обрезать, захватывая около 2 см здоровой ткани. Нож или секатор желательно обмакивать в спирт каждый раз, т.к. с ним может передаваться инфекция. Вообще лучше продезинфицировать весь инвентарь, споры возбудителя разносятся не только ветром, они сохраняются на инвентаре, в почве, разносятся обувью, зимуют на растительных остатках. В компост зараженные ветки и плоды класть нельзя. Живые патогены могут погибнуть при нагревании компоста, но споры останутся жизнеспособными.
Груши, конечно, лучше собрать. На дереве они быстро заразятся.