В МФТИ как таковых программистов не учат. Однако по окончании Ваш сын будет знать и программирование тоже.
С учётом собственного опыта хочу сказать, не стоит путать увлечение и дело дальнейшей жизни, читай будущую профессию.
Я закончил "робототехнические и интеллектуальные системы и комплексы" - так вот должен вам сказать что это очень не весело, из 32 человек до выпускной пьянки дожили только 12... так что к будущей профессии нужно подходить архиосторожно...