Насколько мне известно право пользования вашей квартирой дает только договор аренды (он собственно об этом и есть), а временная регистрация осуществляется на основании его или по заявлению собственника. Постоянная регистрация - это совсем другая песня, там требуется не только согласие собственника, но и всех прописанных (исключения - несовершеннолетние дети, они могут быть прописаны к родителю без согласия кого-либо).
Ну и собственно цитатка из постановления№885 (выделения сделаны мной):
Теперь, в соответствии с изменениями, внесенными в "Правила...", утвержденные Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 N 713, заявление установленной формы о регистрации по месту жительства в форме электронного документа, а также копии документа, удостоверяющего личность, и документа, являющегося основанием для вселения в жилое помещение, в электронной форме могут быть представлены через федеральную государственную информационную систему "Единый портал государственных и муниципальных услуг (функций)".
Взято с Консультанта.