В данном случае либо Вам пишут письмо о зачете переплаченной суммы (счет выставляется полностью),а оплата будет за минусом переплаты со ссылкой на то письмо.Другой вариант: мы покупаем авиабилеты для сотрудников.При возврате этих билетов нам выставляют отдельный счет с минусом.При последующих платежах мы минусуем от счета к оплате этот счет с минусом (даем ссылку на этот минусовой счет в п/п).
Это просто удобнее так делать в больших компаниях и со спецификой работы (я имею ввиду программное обеспечение, количество работающих одновременно в одной программе и т.д.).
Вообще, счет - это не документ для бухгалтера (ну какие проводки вы сделаете? чем он Вас обязывает?), это просто предложение на оплату. Документом он может стать, если в договоре прописать, что счет является неотъемлемой частью договора. При этом, я не упоминаю сам Договор-счет. Это отдельная песня.
Так что, по обычному счету смело зачитывайте переплаты по одному договору. Может Вас успокоит то, что ИФНС для любой проверки счета на проверку не требует!
Поздравляю с положительным прохождением камеральной проверки. В период кризиса налогивики ужесточились, потому доказывать, что ты не верблюд, все чаще приходиться в суде. Еще раз поздравляю.
А за инкассовое поручение я бы на вашем месте с ИФНС потребовала проценты за пользование деньгами (по законодательству причитается).
