А кто же считал з/п за июнь, если расчетчица в отпуске? Возможно другой сотрудник просто начислил, исходя из оклада, поскольку не в курсе специфики Вашей работы. Компенсаци. за неиспользованный отпуск наверняка не начислили. Про нее, кстати, очень многие забывают, я много раз с этим сталкивалась.
И еще мне непонятно, какая форма оплаты труда все-таки у вашей организации-оклад, сдельная, или смешанная? В трудовом договоре у Вас только про оклад сказано, никакой сдельщины я в процитированном отрывке не увидела. Опять же, если она предусмотрена, значит должен быть допик с указанием расценок. У Вас его нет, насколько я поняла.
Для начала сходите в бухгалтерию и попросите показать расчет (не расчетный листок, а именно сам расчет, из него видно, какие суммы в него входили), и пусть Вам объяснят как они считали. А еще лучше, снимите себе копию с их расчета. Возможно, просто счетная ошибка, и тогда можно вопрос разрулить мирным путем, не накручивая себе нервы.
