Она и есть, как мне кажется, - фигня со джамперами. Гляньте к материнке мануал (*в сторону*: начал хорошо...) Вы скорее всего втыкаете микрофон во фронтальный вход, верно? Тот, что впереди? Одновременно там не выходит: либо работает линейный выход/микрофон спереди, но тогда выключатся задние разъёмы. И наоборот.
(*в сторону*: кажется, к 3 часам ночи человек становится как собака. Всё вроде понимает, а сказать уже и не может)
Выход: попробовать воткнуть микрофон сзади. Или спереди, если сзади пробовали. Или тогда - читать мануал к материнке и перетыкать джамперы.